改革开放之后，随着大批农民工进城务工，侵犯农民工合法权益的事例不断发生。2006年，市总工会把维护农民工的合法权益提上工会重要日程，通过建立专门工作机构、制发文件、规范制度，采取一系列得力措施，全方位维护农民工的合法权益。

　　2006年3月，市总工会成立农民工工作领导小组，下设办公室，作为领导小组的日常办事机构，统筹协调和指导全会维护农民工合法权益工作。市委组织部、市委统战部、市建委、市经委、市劳动和社会保障局、市工商局、市财政局、市地税局、市经济合作促进局、市工商联、市总工会联合下发了《关于实施〈哈尔滨市组建工会和农民工加入工会工作“1532”工程方案〉的通知》，对哈尔滨组建工会和农民工加入工会工作的指导思想、主要任务、工作机制和工作目标做出了明确规定，使农民工维权工作有了组织依据和制度保障。劳动工资与安全是农民工最大的权益。2006年开始每年岁末年初，即从12月到来年春节前，市总工会在全市开展“为农民工追讨工资、帮助农民工顺利返乡、为农民工送温暖、保障农民工安全生产行动”的维权月活动和“农民工平安返乡行动”。使农民工能按时拿到工资高高兴兴顺利回家过年。为保证农民工安全生产与用工，2007年，市总工会、市劳动和社会保障局等九部门下发《哈尔滨市关于开展整治非法用工打击违法犯罪专项行动方案》，在全市范围内集中开展为期一个半月的整治非法用工、打击违法犯罪专项行动。市总以“安康杯”竞赛组委会办公室的名义，下发《关于加强农民工冬季安全生产工作的通知》，要求所有参加竞赛的农民工聚集的地区、行业和企业，借助“安康杯”竞赛这一载体，采取切实有效措施，做好农民工冬季安全生产工作，保障农民工的安全和健康。每年夏季，市总工会在全市开展为农民工送清凉、送安全、送健康、送文化、送维权“五送”活动。每年除夕，市总工会看望慰问坚守在一线岗位的建筑、环卫、机械加工、餐饮等行业的农民工代表，并与他们一起包饺子过除夕已成为市工会坚持多年的传统。每年春季，市总工会联系市农委、妇联等部门联合举办农村劳动力转移对接大会，开展“进城求职，帮您解难”为主题“春风行动”，为大批刚进城的农民工找工作。2010年，针对春节后用人单位调整需求和农民工返城务工及下岗职工求职高峰的现状，哈尔滨市总工会从3月起集中50天时间，集中人力，挖掘岗位，开展了“送岗位，促就业”的春风行动系列就业援助活动。为提高农民工的劳动技能，2008年1月，市总工会职工大学举办农民工技能培训班。来自哈市近郊的183名农民接受为期一个月的免费培训。培训根据个人兴趣，从实践、理论等方面学习电焊、中西式面点制作、冷作、装配等课程。市总工会在全市范围内首批确定18个工会就业技能培训基地，为农民工实行免费、定向培训。2007年9月，哈尔滨《叫响工会进村，最大限度的把农民工组织到工会中来》的经验在全国总工会“推进组织农民工入会工作现场会”上交流。市总工会被授予2006—2007年全国农民工工资支付情况专项工作先进单位荣誉称号。

　　2008年9月24日，哈尔滨市农民工子女学校共建活动启动暨红阳小学农民工子女教育基点校揭牌仪式在道里区红阳小学举行。市总工会向红阳小学赠送了价值3万余元的乐器，市劳模单位哈飞汽车工业集团有限公司向学校捐助共建资金5万元。当年，哈尔滨市总工会拨专款7.5万元，为全市150名农民工劳模进行了免费体检，并建立健康档案进行健康跟踪。2010年4月，市总工会与哈尔滨爱尔眼科医院合作启动的“光明康复行动”，为农民工免费治疗白内障、青光眼等眼疾。